Se relata que Alvarado trajo a los Dominicos, incluido el padre Betanzos, quien intentó fundar un convento pero no aceptó ser el primer obispo de Guatemala. Este rol lo asumió el Licenciado Francisco Marroquín, quien fundó una diócesis en 1534 e invitó a frailes dominicos importantes para establecer un convento en Almolonga, entre ellos Fray Bartolomé de las Casas, Fray Pedro de Angulo, Fray Luis Cáncer y Fray Rodrigo de Ladrada.

De acuerdo a la obra “Historia General de Guatemala”, la iglesia estaba involucrada en la política para defender a los indígenas como seres humanos merecedores de un trato justo, así como para llevar a cabo su misión evangelizadora. La evangelización como medio de conquista y la influencia de la Iglesia en la política condujeron a la urbanización en torno a 1540. En las afueras de Santiago de Guatemala, aún se pueden ver templos coloniales construidos para evangelizar a los indígenas dispersos.

En 1541, la capital española sufrió una tragedia cuando Don Pedro de Alvarado murió en la batalla de Nochiztlán, México. Aunque la capital ya había comenzado a urbanizarse, una catástrofe natural y un sismo de media noche destruyeron gran parte de la ciudad.

La catástrofe natural a la que se hace referencia en el texto fue un desastre causado por el Volcán de Agua. Este volcán, ubicado en las cercanías de la ciudad de Santiago de los Caballeros (hoy Antigua Guatemala), entró en erupción y desencadenó una serie de eventos que resultaron en una inundación devastadora y el colapso de una parte importante de la ciudad. La erupción pudo haber provocado la liberación de grandes cantidades de agua acumulada en el cráter del volcán, causando un flujo de lodo y escombros que arrasó con la ciudad y sus alrededores. Además de la erupción, un sismo nocturno también se registró, agravando aún más la destrucción.

Esta catástrofe natural tuvo un impacto significativo en la ciudad y en la vida de sus habitantes, lo que contribuyó a la decisión de trasladar la capital a un lugar más seguro en el Valle de Panchoy.

La viuda de Alvarado, Doña Beatriz, fue nombrada gobernadora por solo 40 horas antes de fallecer en la tragedia. Los franciscanos establecieron un campamento para los sobrevivientes y más tarde, la nueva capital fue trasladada al Valle de Panchoy debido a su riqueza de recursos naturales.

El trazado urbano se diseñó para albergar aproximadamente 5000 habitantes. Las familias principales se establecieron en el centro de la ciudad, seguidas por otras familias españolas y mestizas que recibieron parcelas para construir sus viviendas. Con el tiempo, la ciudad prosperó y se convirtió en el epicentro comercial, cultural, político y religioso de Centroamérica durante más de dos siglos. En aquel entonces, comprendía regiones como Chiapas, parte de Yucatán, Guatemala, Belice, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica.

La importancia de la ciudad era tal que el 10 de junio de 1566, el rey Felipe II le otorgó el título de “Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Santiago de los Caballeros de Guatemala”. Sin embargo, a lo largo de esos dos siglos, la ciudad sufrió repetidos terremotos que destruyeron diversos monumentos. A pesar de estas adversidades, la ciudad se reconstruyó constantemente y se enriqueció con nuevos estilos barrocos del siglo XVII, a la vez que preservaba algunos de los estilos originales renacentistas.

La ubicación geográfica de la ciudad, en medio de tres placas tectónicas, dificultó la conservación de muchos monumentos originales. Esta situación impulsó a los pobladores a explorar nuevas técnicas constructivas antisísmicas.

Desde antes de su fundación, diversas órdenes religiosas llegaron a la joven capital. En el siglo XVI se establecieron tres conventos (Santo Domingo, San Francisco y La Merced), además de un convento de monjas (La Concepción) y la Catedral. Estos centros religiosos poseían amplias extensiones de terreno en la ciudad y recibían encomiendas de pueblos indígenas y donaciones comunitarias para su mantenimiento. Los religiosos se dedicaban a construir templos y conventos, a impartir educación a través de doctrinas y a fomentar el arte religioso, mientras introducían tradiciones castellanas en la cultura local.

A pesar de los constantes terremotos, los pobladores se mantenían resilientes en el lugar. Sin embargo, el 29 de julio de 1773, los terremotos de Santa Marta prácticamente arrasaron la ciudad, según varios historiadores. El Capitán General Martín de Mayorga propuso el traslado de la ciudad al valle de la ermita el 2 de agosto de 1773 ante los miembros de la real audiencia. Aunque inicialmente hubo resistencia al traslado, finalmente se volvió oficial debido a las cédulas reales emitidas al respecto. La ciudad fue gradualmente abandonada por la mayoría de sus habitantes, y sus ruinas fueron despojadas de obras de arte y muebles coloniales.

Finalmente, el Capitán General Mayorga obtuvo una Real Cédula en enero de 1774 que aprobaba el traslado provisional de la capital al valle de la Ermita. Desde entonces, la ciudad pasó a ser conocida como “La Antigua Guatemala”.